Température d'hybridation PCR

Utilisez ce calculateur de température d'hybridation PCR pour estimer la température de fusion du primer (Tm) et une température initiale d'hybridation (Ta). Le calcul utilise la séquence du primer, le contenu en GC et une concentration approximative de sodium monovalent (Na+).

Deux estimations simplifiées du Tm sont fournies. La méthode de Wallace estime le Tm à partir du nombre de bases A, T, G et C. L'estimation ajustée en fonction du sel tient également compte de la concentration de sodium dans la réaction. Pour les primers de 13 nucléotides ou moins, le calculateur utilise l'estimation de Wallace pour déterminer la Ta suggérée ; pour les primers plus longs, il utilise l'estimation ajustée en fonction du sel. La température d'hybridation suggérée est fixée à 5 °C en dessous de l'estimation de Tm sélectionnée.

Ces formules sont des approximations empiriques et doivent être utilisées comme points de départ, et non comme des prédictions thermodynamiques exactes. Les performances réelles de la PCR dépendent également de la concentration des primers, de Mg2+, des dNTP, de la composition du tampon, de la concentration de la matrice, des mésappariements, de la formation de dimères de primers, des structures secondaires et d'autres conditions expérimentales. Utilisez le résultat comme point de départ pour optimiser la PCR, et non comme une température optimale garantie.

Séquence du primer : Saisissez une séquence de primer ADN ou ARN dans le sens 5′ → 3′. Les espaces et autres caractères non alphabétiques sont supprimés avant la validation. Les bases A, C, G, T et U sont acceptées. Pour le calcul de Wallace, U est considérée comme T ; le contenu en GC ne compte que G et C.

Sel (mM Na+) : Saisissez la concentration approximative de sodium monovalent dans le mélange réactionnel, exprimée en millimoles par litre (mM). Le calculateur convertit cette valeur en concentration molaire avant d'appliquer la formule ajustée en fonction du sel. La valeur par défaut est de 50 mM.

Longueur : Nombre de nucléotides (nt) présents dans la séquence du primer après suppression des caractères non valides.

GC (%) : Pourcentage de nucléotides G et C présents dans la séquence du primer.

Tm Wallace (°C) : Estimation simplifiée de la température de fusion calculée comme 2 × (A + T) + 4 × (G + C), en considérant U comme T.

Tm ajusté en fonction du sel (°C) : Estimation simplifiée de la température de fusion qui tient compte de la concentration de sodium monovalent saisie.

Ta suggérée (°C) : Température initiale d'hybridation PCR, calculée à 5 °C en dessous de l'estimation de Tm sélectionnée par le calculateur.